Analyse de données de Microarrays/RNAseq

Pourquoi la transcriptomique ?

Les études transcriptomiques permettent de mesurer le niveau d'expression des gènes, à un instant donné, par l'intermédiaire d'un dosage des ARNm à l'aide des techniques de DNA microarray ou de RNAseq. La détermination du niveau de transcrits de la quasi-totalité des gènes codants pour des protéines permet, d'une part, d'obtenir un profil complet de l'expression génique et, d'autre part, de réaliser une analyse statistique et un mining puissant des jeux de données générés. L'identification de groupes de gènes exprimés de manière coordonnée, combinée à l'accès à une base de données biologiques annotées et accessibles, permet à nos analystes d'identifier les mécanismes agissant sur l'expression de ces gènes. Ces informations ont une valeur considérable dans la recherche de médicaments et leur validation (validation des cibles, prédiction de la toxicité, etc.)

AltraBio : Quelle valeur ajoutée ?

A partir du logiciel BioConductor, AltraBio utilise des méthodes d'analyse de données éprouvées et de pointe.

En utilisant son expertise acquise au cours d'études biologiques à grande échelle, AltraBio est en mesure de contrôler la qualité des données afin d'identifier d'éventuelles anomalies et de vérifier leur concordance avec le plan expérimental. AltraBio garantit ainsi la pertinence et la qualité des analyses réalisées.

AltraBio offre un service complet allant du contrôle de la qualité des données de microarray ou de NGS (identification de gènes différentiellement exprimés, associations SNP, etc.) à leur analyse statistique. 

Dans les approches classiques, les analyses transcriptomiques conduisent à une liste de gènes différentiellement exprimés. AltraBio a étendu ses modèles statistiques afin de réaliser une analyse basée sur les problématiques biologiques de nos partenaires/clients dans lesquelles des groupes de gènes (plutôt qu'un seul gène) cohérents avec l'expérience sont identifiés. En plus de l'utilisation des catégories et annotations issues de bases telles que Gene Ontology (GO), AltraBio a construit sa propre collection de jeux de données basée sur les données d'expression génique accessibles dans la littérature.

Le rôle d'AltraBio dans un projet ne se limite pas à la génération d'une liste de gène. Grâce à l'utilisation d'une approche intégrative orientée sur les mécanismes biologiques, les analystes d'AltraBio interprètent cette liste de gènes dans un contexte défini par la question biologique initiale.

Le résultat final du travail d'AltraBio est présenté sous la forme d'un rapport clair et complet résumant les observations expérimentales, discutant les mécanismes biologiques qui soulignent les effets observés et, lorsque cela est nécessaire, suggérant de nouvelles approches afin de valider et approfondir les pistes identifiées.

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